Christian là con trai cả của vị vua tương lai, Frederik I của Đan Mạch, và Anna xứ Brandenburg. Ông sinh ra tại lâu đài Gottorf, lúc này còn nằm ở phía nam Đan Mạch, cũng là nơi mà Frederik I đã chọn làm tư gia cho gia đình ông. Năm 1514, khi Christian chỉ mới mười tuổi, mẹ của nhà vua chết. Bốn năm sau, cha ông tái hôn với Sophie xứ Pommern (1498-1568). Năm 1523, Frederik I được bầu làm vua của Đan Mạch thay cho cháu trai của ông, vua Christian II của Đan Mạch. Việc làm đầu tiên của ông sau khi lên ngôi vua đó là thiết lập quyền lực của mình tại Kopenhagen, nơi đang của giam giữ vị vua cũ Christian II. Là công tước của các lãnh địa Holstein và Schleswig từ năm 1526, và phó vương của Na Uy từ năm 1529, Christian III đã cho thấy được phần nào năng lực cai trị của mình.[3]